Niður úr sunnanverðum Vatnajökli,  milli  Skaftafellsjökuls  í  austri  og Skeiðarárjökuls í vestri, gengur lítill skriðjökull  sem  nefnist  Morsárjökull.  Jökullinn  gengur  niður  á aura Morsár sem fellur frá jöklinum um  samnefndan  dal,  Morsárdal, sem umgirtur  er  allt  að  1000–1400 m  háum  og  bröttum  fjöllum.  Að austanverðu  er  Skaftafellsheiði  í um rúmlega  1100  m hæð við  Kristínartinda  en  rís  hæst  upp  í  1385 m  við Skarðatind  og  1343  m  hæð við Þorsteinshöfða. Að vestanverðu rísa Skaftafellsfjöll í um og yfir 1000 m  hæð  og  hæst  skagar  Austurhnúta í  Miðfelli,  upp  í um  1084 m.  Um  flatan  dalbotninn flæmist  Morsá  um  á  eyrum,  sem þaktar  eru  litríkum  rhýólíthnullungum og -steinum, frá því að hún fellur  úr  litlu  jökullóni  innan  við ystu  jökulgarða  Morsárjökuls  og þar  til  hún  rennur  í  farveg  Skeiðarár  úti á  Skeiðarársandi.  Morsárdal  tengja  margir  við  fallegt  og hrikalegt landslag í  þjóðgarðinum í Skaftafelli. Þá er svæðið þekkt fyrir mikla gróðursæld, sérstaklega gróðurvinina í Bæjarstaðarskógi.

Sjálfur Morsárjökull er um 4 km langur og 750–900 m breiður neðan ísfossanna, eða um 3,3 km2 að flatarmáli.  Jökullinn er svonefndur falljökull og sjá tveir ísfossar/ísstraumar um að fæða hann.

Að  vestanverðu er jökullinn enn tengdur  við  meginjökulinn  með um  200  m  breiðum  ísstraumi,  en stór hluti hans fellur fram í miklum ís-  og  snjóflóðum. Að austanverðu  er  jökullinn  algerlega skilinn frá meginjöklinum og fellur jökulísinn niður allt að 350 m hátt þverhnípt hamrabelti líkt og sá vestari  Milli  ístungnanna gengur  urðarrani  niður  jökulinn frá höfða sem skilur að ísfossana.

Þessi höfði er nafnlaus í dag en stungið hefur verið upp á að hann verði  nefndur  eftir  vísindamanninum  Jack  D. Ives,  sem  í  áraraðir hefur  unnið  að  jöklarannsóknum á  Skaftafellssvæðinu.

Yfirborð jökulsins er sprungið líkt og á öðrum skriðjöklum, en svigður (e. ogives), sem ganga niður hvorar  frá  sínum  ísfossinum,  eru áberandi  í  jökulyfirborðinu.  Fyrir framan  jökulsporðinn  liggja  víðáttumiklir  jökuláraurar.  Neðar  í dalnum  slær  ljósleitum  blæ  á  aurana  en  ástæða  þess  er að  aurarnir innihalda  rhýólítmöl  sem  rofist hefur  úr gosmyndunum  í  Kjósinni, gamalli  megineldstöð  í  fjöllunum rétt vestan við jökulinn. Jökulgarður gengur  þvert  yfir  Morsárdal,  um 1,6–1,8 km  frá núverandi jökuljaðri.  Í bröttum hlíðum dalsins fyrir  ofan  núverandi  jökul  sjást greinileg ummerki nýlegs jökulrofs, en  þau  sýna  glöggt  hversu  mjög jökullinn hefur hörfað og  þynnst á undanförnum  árum  og  áratugum. Fyrir  framan  jökulinn  að  austanverðu  er  jökullón  sem  árið  2011 var um  1100 m langt og allt að 400 m  breitt. Samfara  hörfun  jökulsins hefur lónið stækkað umtalsvert hin síðari ár.

Þann 20. mars árið 2007 féll bergflóð á ofanverðan Morsárjökul í Öræfum í Austur-Skaftafellssýslu.  Bergflóðið er talið með  stærri  skriðuföllum sem orðið hafa hér á landi á umliðnum árum og áratugum. Talið er að það hafi fallið í tveimur hlutum; meginhlutinn féll 20. mars en viðbótarhrun varð þann 17. apríl 2007. Bergflóðið féll við efri brún jökulsins að austanverðu og urðin eftir hrunið hylur þar allt að 1/5 af yfirborði jökulsins, eða um 720.000 m2.

Miklar breytingar hafa orðið á bergflóðsurðinni og jöklinum eftir að bergflóðið féll. Grófkornótt bergflóðsurðin hefur sigið mikið saman og stórgrýti molnað niður. Jökulísinn undir bergflóðsurðinni er einangraður frá lofthita og geislun og bráðnar því mun hægar en ísinn umhverfis. Þess vegna hefur orðið eftir þykkur ísbunki undir urðinni og er þar sístækkandi bunga að myndast á jöklinum.

Talið er að jökulrof og hröð hörfun Morsárjökuls á undanförnum árum og áratugum, ásamt veikum jarðlögum í berggrunni, sé meginorsök bergflóðsins.