Vatnajökulsþjóðgarður var stofnaður árið 2008. Hann nær yfir allan Vatnajökul og stór svæði í nágrenni hans, á miðhálendinu og yfir þjóðgarðana sem fyrir voru í Skaftafelli og Jökulsárgljúfrum. Þjóðgarðurinn spannar um 14% af flatarmáli Íslands (14.967 ferkílómetrar árið 2021) og er næststærstur þjóðgarða í Evrópu á eftir Yugyd Va-þjóðgarðinum í Úralfjöllum Rússlands.

Árið 2019 var þjóðgarðurinn stækkaður og m.a. Herðubreið og Herðubreiðarlindir bættust við. Einnig komst þjóðgarðurinn á heimsminjaskrá UNESCO 5. júlí 2019.

Haustið 2021 var hann stækkaður í norður, við Bárðdælaafrétt

Sérstaða Vatnajökulsþjóðgarðs felst einkum í fjölbreytilegum landslagsformum sem samspil eldvirkni, jarðhita, jökuls og vatnsfalla hafa skapað. Vatnajökulsþjóðgarður er einstakur á heimsvísu vegna jarðsögu sinnar sem einkum er skrifuð af langvarandi átökum elds og íss. Margir staðir skarta eldfjöllum eða jöklum og sumir hvoru tveggja en enginn þeirra státar af átökum flekaskila, möttulstróks og hveljökuls eins og Vatnajökulsþjóðgarður. Samspil þessara fyrirbæra og annarra landmótunarafla hefur skapað síbreytilega og fjölbreytta náttúru.