Kverkfjöll eru mikil megineldstöð í norðurbrún Vatnajökuls og þriðji hæsti fjallbálkur landsins á eftir Öræfajökli og Bárðarbungu. Tvær jökulfylltar öskjur eru taldar vera í Kverkfjöllum og á Kverkfjallahrygg. Er syðri askjan jökli hulin en rimar þeirrar nyrðri eru að mestu íslausir nema að sunnanverðu; liggja þeir í um og yfir 1800 m hæð. Hæst rís Skarphéðinstindur á austanverðu fjallinu í 1936 metra hæð yfir sjávarmál. Skipta má Kverkfjöllum í eystri og vestari hluta um Kverk sem er mikið skarð í fjöllin norðanverð með geysiháum þverhníptum hamraveggjum.

Kverkfjallarani er að meginhluta byggður upp af samsíða móbergshryggjum, 5-6 talsins, og fara hnjúkar hækkandi eftir því sem nær dregur Kverkfjöllum. Sigdalur sem Hraundalur kallast liggur um ranann endilangan með stefnu á Kverk og skiptir honum í Austur- og Vesturrana. Niður í innsta hluta hans skríða urðarjöklar frá Kverkfjöllum eystri.

Að meginhluta til hafa Kverkfjöll byggst upp í eldgosum á síðasta jökulskeiði. Er talið að goshrinur hafi verið um 40 talsins og hver þeirra skilað að meðaltali um 0,1 rúmkílómetrum af gosefnum.

Í Kverkfjallarana er afar mikið um misgengi. Þar hafa orðið nokkur hraungos eftir að jökla leysti fyrir um 10 þúsund árum og er Biskupsfellgossprungan og svo aftur Lindahraun taldar yngstu gosmenjarnar, þær fyrrnefndu 1000 – 2000 ára en Lindahraun yngra en 2800 ára. Hraunin hafa oftast verið þunnfljótandi og liðast nú eins og ár í steingerðum fossum og flúðum niður um hlíðar móbergshnjúkanna en þeir hafa margir úðast hraunkleprum og gjalli.

Eitt öflugasta háhitasvæði landsins er að finna í Kverkfjöllum vestari. Tengist það misgengi með sigstalli. Hverasvæðið er um 3 km á lengd og allt að 1 km á breidd og liggur í 1600 -1700 m hæð yfir sjó. Austan Kverkfjalla er jarðhita að finna í Hveragili á um 2 km löngum kafla og eru þar víða 40 til 60 gráðu heitar laugar. Í gilinu eru fallegar kalkútfellingar og bólstraberg.