Ekki er vitað með fullri vissu hvenær fyrsta kirkjan reis á Hofi en talið er að það hafi verið fljótlega eftir lögleiðingu kristinnar trúar. Eins og nafnið á kirkjunni gefur til kynna þá hefur líklega verið heiðið hof á jörðinni og þóttu bændum því mikilvægt að koma upp kristinni kirkju eftir siðaskiptin.  hofskirkjaKirkjan var helguð heilögum Clemens en það kemur meðal annars fram í máldagi árið 1343. Þar kom líka fram að kirkjan var orðin nokkuð gömul en rík af eignum.

Árið 1794 var kirkjan endurbyggð og stækkuð um eitt stafbil og árið 1835 var enn á ný farið í endurbætur og var hún þá endurnýjuð að miklu leyti. Þrátt fyrir þessar endurbætur var kirkjan rifin og ný byggð árið 1847. Þrátt fyrir að kirkjan hafi verið vel byggð hrörnaði henni fljótt og 4. maí 1880 messaði sr. Sveinn Eiríksson í síðasta skiptið í kirkjunni, daginn eftir var hún rifin. Strax var hafist handa við að byggja nýja kirkju á sama stað en norður veggurinn var færður út um 80 cm. Þann 3. ágúst sama ár var kirkjan vígð.

Fram til 1913 hafði Hofskirkja verið bændakirkja en það ár afhentu þáverandi eigendur kirkjunnar hana söfnuðinum til eignar. Árið áður hafði Sandfellssókn sameinast Hofssókn en Sandfellskirkja var þónokkru yngri en Hofskirkja. Þegar leið fram á 20. öldina var ljóst að gera þurfti við kirkjuna og kom sú hugmynd að reisa steinsteypta kirkju. Um miðja öldina var ekki lengur hægt að bíða með nýja kirkju en þar sem fáar kirkjur líkt og Hofskirkja voru enn standandi kom sú hugmynd fram að hugsanlega þyrfti að varðveita hana. Eftir að fulltrúi sóknarnefndar og þjóðminjavörður höfðu rætt saman var ákveðið að Þjóðminjasafn Íslands myndi kosta endurgerð kirkjunnar. Það var svo árið 1953 að kirkjan var rifin og endurbyggð. Sama ár var kirkjan sett á fornleifaskrá. Það var svo árið 1954 að Ásmundur Guðmundsson biskup vígði kirkjuna.