Hverfisfljót er ein stærsta jökulá á þessu svæði og á hún upptök sín við Síðujökul, jökultungu suðvestur af Vatnajökli. Hverfisfljót skiptir umdæminu í tvö svæði: Síðu, vestan megin árinnar, og Fljótshverfi að austanverðu. Áin er víða mjög straumhörð og vatn hennar er dökkgrátt, en rennslið getur verið mjög mismunandi eftir árstíðum. Á sumrin er meðalrennsli 50–150 m³ / sek, en það lækkar í 5–30 m³ / sek á veturna. Stöku jökulhlaup eru í Hverfisfljóti, samfara hlaupum úr Skaftá sem eiga upptök sín í Skaftárkötlum í Vatnajökli. Skaftá flæðir að meðaltali einu sinni á tveggja ára fresti – mun oftar en Hverfisfljót. Flest jökulhlaupin úr Hverfisfljóti eru ekki mikil þó vatnsrennslið hafi náð 400 m³ / sek. Lítið eða ekkert lindarvatn rennur í ána á leið sinni  til sjávar þar sem þverárnar eru litlar og fáar. Á hálendinu rennur áin  um þröng og tignarleg gil inn í Bárðarskarð, á milli Brattháls og Hnúta-fjalls. Á leið sinni til sjávar prýðir áin fjölda ógnvekjandi flúða og fossa sem margir eru jafn stórbrotnir og þeir stærstu á Íslandi. Síðastur þessara fossa er Lambhagafoss, þar rennur áin meðfram vesturhlið Dalsfjalls áður en hún beygir inn á Skaftáreldahraun. Áin rennur svo víða yfir sandana og sameinast Brunná, Djúpá og Núpsvötnum áður en hún kemst til sjávar við Nýós og Hvalsíki.