Hagavatn hefur tekið miklum breytingum á síðustu áratugum. Á fyrstu árum þessarar aldar var Hagavatn miklu stærra en það er nú, en 1929 brast jökulstífla og Hagavatn hljóp fram. Myndaðist þá Leynifoss. Tíu árum seinna, 1939, hljóp Hagavatn aftur og gróf sig fram innar og Leynifoss hvarf, en Nýifoss myndaðist. Við þetta lækkaði í vatninu um 10 metra og minnkaði það mjög. Árið 1980 hljóp Langjökull fram í vatnið og grófst þá farvegurinn enn niður og vatnið minnkaði. Er það nú talið um þriðjungur þess sem það var um aldamótin síðustu. Þessi minnkun vatnsins hefur haft þau áhrif að sandfok og moldrok hafa aukist til muna því uppþornað botnset vatnsins er mjög rokgjarnt. Eru nú uppi hugmyndir um að stífla afrennsli vatnsins og stækka það á ný.